Sejak berdirinya lembaga pendidikan dan latihan ketrampilan di bidang pertanian Boyolali oleh Direktorat Pendidikan Menengah Kejuruan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI pada tahun 1969/1970 bernama Proyek Peningkatan Pendidikan Teknik yang dalam kegiatannya untuk melatih para siswa STM Pertanian diseluruh propinsi jawa Tengah.
Dalam perkembangannya Proyek tersebut pada tahun 1975 berubah nama menjadi Sekolah Menengah Teknologi Pertanian dengan Jurusan Teknologi Hasil Pertanian (THP) dan Teknologi Peralatan Pertanian (TPP) dengan menerima siswa angkatan pertama, kemudian pada tahun 1977 Sekolah ini diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan kebudayaan Bapak Syarief Thajieb dengan nama SMT Pertanian Negeri 1 Boyolali salah satu dari 4 (empat) SMT Pertanian yang ada di Indonesia yaitu SMT Pertanian Metro Lampung, SMT Pertanian Tangerang dan SMT Pertanian Jember, pada Tahun 1979 dengan Nomenklatur Nomor 090/0/1979 Tanggal 03 November 1979 nama SMT pertanian Boyolali berubah menjadi SMK Negeri 1 Mojosongo
Adapun dalam perkembangannya SMK Negeri 1 Mojosongo Boyolali Pada Tahun Ajaran 2000/2001 sudah memiliki 4 Jurusan yaitu : THP, TPP (sekarang menjadi Mekanisasin Pertanian), Teknologi Produksi sekarang menjadi ATPH (Agribisnis Tanaman Perkebunan dan Holtikultura) dan ATP (Agribisnis Tanaman Perkebunan) dan Peternakan (sekarang menjadi Agribisnis Ternak Unggas dan Ruminansia).
Pada Tahun 2007 SMK Negeri 1 Mojosongo menambah lagi Program Keahlian Teknik Mesin yaitu Kompetensi Keahlian Teknik Pemesinan , selanjutnya Tahun 2010 menambah lagi satu Program Keahlian Teknik Kimia dengan Kompetensi Keahlian Kimia Industri
Selama berdiri sejak nama Proyek Peningkatan Pendidikan Teknik menjadi SMT Pertanian Negeri Boyolali selanjutnya berubah menjadi SMK Negeri 1 Mojosongo dipimpin oleh 11 (Sebelas) Kepala Sekolah yaitu :
Tahun 1969/1970 | : | Bp. Ign. Budiono |
Tahun 1971/1972 s.d. 1974/1975 | : | Bp. Soetrisno Poedjo Darsono |
Tahun 1975/1976 s.d. 1977/1978 | : | Bp. Ir. Suhadi |
Tahun 1977/1978 s.d. 1978/1979 | : | Bp. Ir. Theo Sumarsono |
Tahun 1979/1980 s.d. 1987/1988 | : | Bp. Ir. Suhadi |
Tahun 1987/1988 s.d. 1997/1998 | : | Bp. Drs. Pranowo HS |
Tahun 1997/1998 s.d. 2004/2005 | : | Bp. M. Baedhowie, S.TP |
Tahun 2004/2005 s.d. 2010/2011 | : | Bp. Drs. Kasiswo, S.TP., MM |
Tahun 2010/2011 s.d. 2011/2012 | : | Bp. Drs. Agung Setiyarto,S.Si., MM |
Tahun 2011/2012 s.d. 2013/2014 | : | Bp. Drs. Jasmanto |
Tahun 2013/2014 s.d 2017/2018 | : | Bp. Sukiman, S.T., M.Pd |
Tahun 2017/2018 s.d 2019/2020 | : | Bp. Heryanto, S.Pt., MM |
Tahun 2019/2020 s.d 2020/2021 | : | Bp. Drs. Kamaruddin, M. Pd |